Lyoko est un monde virtuelle crée par Franc Hopper, génie informatique & ancien enseignant au Collège Kadic. Lyoko est composé de 4 territoires : La banquise, la foret, le désert & la montagne. Chaque territoire possède des tours, des bases de données que XANA active pour lancer des virus sur la Terre.
Un groupe de collègiens connait l'existence de Lyoko & la menanace de XANA qui plane sur la Terre : Yumi, Odd, Ulrich & Jeremie. Ils partagent en secret une double vie : Collègiens comme les autres pendants les heures de cours, & passent le reste de leur temps libre à sauver le monde, en se "Virtualisant" (depuis leur laboratoire secret) dans le monde d'Aelita, leur meilleur amie, afin de déjouer les plans de XANA.


